田所雄介博士是一位地球物理学家。他直觉地认为，根据地震的观测数据，日本列岛将会有灾害发生，于是他便展开了调查。他与小野寺俊夫及助手幸长信彦助理教授一同乘坐潜水艇到达伊豆冲海底，发现海底出现异常的龟裂与乱泥流。田所继续收集到的收据令他确信将会有灾难发生，并得出唯一的一个结论。那就是「日本列岛历来最坏的情况——1年内的地壳变动导致大部分的陆地下沉到海中」了。
起初政府对这个结论抱着半信半疑的态度，后来犹豫了一段时间之后，便计划发动「D计划」——一个将日本国民及资产转移到海外的方案。然而事态的发展正在以大大超出当初田所所估计的速度进行中。
各地相继发生巨大的地震。几乎停止了活动的休眠火山开始活跃起来。在已经被撕裂成碎块的日本列岛中，D计划被拼命地推展……
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