魔法。
这不是传说或童话的产物，而是发展至今将近一个世纪的现实技术。
今年春天，新生入学的季节来临了。
国立魔法大学附设第一高中——通称「魔法科高中」的这所学校，将学生分为成绩优秀的「一科生」，以及后备递补的「二科生」，他们各自被称为「花冠」与「杂草」。而有一对亲兄妹，在今年进入魔法科高中就读。
哥哥是背负某项缺陷的劣等生。
妹妹是一切完美无缺的优等生。
言行举止带着达观气息的劣等生哥哥，爱慕哥哥之心更胜亲情的优等生妹妹。从两人跨入这座名校校门开始，原本和平的校园，即将面临风波不断的每一天。
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