魔法科高中的劣等生 暗影闪耀于夜幕

2097年8月，一道冲击撼动了全世界，
一名魔法师展现了足以对抗大国的实力，这名魔法师叫做司波达也，
是以「不可接触的禁忌」受人畏惧的四叶家一员，当时他还只是十八岁的高中生。
以这个事件为契机，他成为全世界闻之色变的存在，
被希望维持世界现行体制的人们暗中伺机狙杀。
2099年春天，黑羽亚夜子与文弥这对双胞胎就读魔法大学。
崭新的大学生活，加上为了求学而搬到东京，
两人身为四叶家谍报部门的黑羽家成员，期待能为敬爱的达也提供助力。
然而，狙杀达也的海外黑帮身影，悄然接近这样的亚夜子与文弥──