以帕乌为首集结至忌滨的义勇同盟军知东京危机解除后就态度一变，转眼间就为了争夺利益而恢复对立状态。幸而各县都必须以重建受损的家园为优先，没有人发动趁火打劫的侵略战争，可谓不幸中的大幸。
兵库县获得都市化现象带来的附加利益，的场会长为此得意洋洋，但公司内研究都市技术的研究者很快就对偏重兵器的发体制提出异议，接连独立为医疗发或通发公司。的场重工因此不再是日本最强的发公司，而兵库这座大都市也重建为众多公司聚集的工业地区。
而在阿波罗白的集中攻击下首当其冲的日本中央政府，京都府的高层一听说事件平息便卷土重来，直接以都市化的京都府厅为据点始重建政府。盘据京都府厅周围的熊一族曾对这些我行我素的政治家提出抗议，但受到东京毁灭的影响，府厅已失去无限再生的特，他们收了政府一些钱便离该地，恢复原本的拾荒生活。另一方面，借着旧文明之力扩大规模的京都府厅，台面下却始流传一些恐怖故事，例如有人目击公务员被墙壁吞噬，或被电梯啃食。
京都府厅复权后，针对蕈菇守护者的迫害政策再度兴起，但与蕈菇守护者并肩战过的同盟军很清楚他们并非邪恶之徒，因此……（内容加载失败！请反馈详细信息。）