以全长四百公尺，宽两百五十公尺为傲的自走式巨大人工母船「Ocean Turtle」里总共有十二层甲板。
只要到世界最大的邮轮——实际上还是比Ocean Turtle——「海洋绿洲号」有十八层甲板，就会觉得它的隔间实在有点奢侈。但据说是因为建造这艘船的目的不是航游旅行，而是海洋科学的研究，所以需要放置各观测、分析用仪器的空间。当然明日奈本身也对于挑高的天花板没有任何不满。
吃水线下的一层为浮体甲板，第二层是机械室甲板，第三层到第八层是海洋生物、海底资源、板块构造等各研究设施。第九层与第十层是客舱，第十一层为休息室、健身房、泳池等休闲设施甲板，而最上层的第十二层除了有雷达与天线之外，也设置了了望室。
这艘母船在登记上是属于海洋研究发机构，但这并非完全属实。由于主要动力使用了国产的加压水型原子炉，所以是和自卫队共同建造，竣工之后也有现役的自卫官驻守船上负责警备工。
而且不只是这而已。贯穿船体中心部的复合钛合金柱——通称「主轴」的内部更是完全在自卫队的管理之下，目前这个地方正进行与海洋完全无关的极机密研究。他们复制了新生儿的灵魂，然后在假……（内容加载失败！请反馈详细信息。）