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世界因为深海栖舰突然出现而逐渐步向灭亡。
中尉以驱逐舰的船员身分出海，搭乘的船却被战舰RU级击沉，不仅失去了挚友岩柱，自己也受了重伤。就在他抱著一死的觉悟时──九九舰轰出现在头上，轰炸攻势赶走了深海栖舰，迫使其撤退。
这就是他与在海上拈弓搭箭的丽少女──瑞凤的相遇。
她是「舰娘」，看起来虽然跟人类没两，却是不同的存在。据说舰娘能够装备舣装，拥有对抗深海栖舰的力量。
之后，中尉被总司令官拔擢，以菜鸟少校的身分被任命为镇守府的提督。
因为各状况导致第一天到任就迟到的提督，为了维护部队的纪律而决定处罚自己跑步。尽管他累得差点没了命，认真的态度却博得舰娘们信赖。
接著，虽然长门等人一始觉得不妥，但提督仍以活用航空战力所编组的舰队获得了成果。
战「亚号舰队决战」──
提督充分反刍战纪录，以熟练度高的长门与陆奥为舰队核心，佐以标准航母赤城，再加上瑞凤编成舰队。
对自身实力没信心的瑞凤虽因此躲在房间内不肯出来，然而提督方设法说服了她。
「我知了……（内容加载失败！请反馈详细信息。）