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突如其来出现的深海栖舰，导致世界逐渐步向灭亡。即使是最新型的雷达也无法探测深海栖舰，大型火炮起不了用，人类在无法对抗的情况下失去了海路与空路的控制权。
中尉以驱逐舰船员身分出海……搭乘的船被战舰RU级击沉，不仅失去了挚友岩柱，自己也受到重伤。就在他觉悟一死时，九九舰轰出现在头上，轰炸攻势赶走了深海栖舰，使其撤退。
中尉看到在海面上引弓搭箭的丽少女。
那是他与瑞凤的相遇。
季节来到樱花季──
在神秘的九九舰轰支援下奇迹生还的中尉，被总司令徵召来到总司令部，并因为「看得到那个」而被拔擢成为镇守府的提督。
升官成为菜鸟少校的他，以提督身分造访镇守府。
在到任之前，提督被九九舰轰的声音吸引来到演习场，再次与海上的少女相遇。
「我是瑞凤！虽然是轻型航母，但只要能提升熟练度，就有机会如同标准航母那活跃！」
她自称为舰娘。舰娘看起来尽管跟人类没两，却是不同的存在，据说能够装备舣装，拥有对抗深海栖舰的力量。
因为手表坏了，提督到任时严重迟到。……（内容加载失败！请反馈详细信息。）